現代石材應用中的化學污染主要表現為水斑、銹斑、泛堿、變色、有機質污染等。出現水斑的原因很復雜，一般認為石材的吸水率較高，石材防護沒做好。

銹斑的出現實際就是巖石中鐵的成分氧化作用的結果。巖石中的鐵一般都是以二價鐵存在，但二價鐵是不穩定的，與空氣中的氧發生反應，變為三價鐵，形成三氧化二鐵。

石材變色主要出現在化學穩定性差的石材品種上，在安裝過程中就出現石材墻面由上至下逐漸變黃，隨時間推移，整個墻面完全變黃。石灰華本身化學穩定性就差，空氣中的二氧化碳、二氧化硫、氮氧化物都會與石灰華中的氧化鈣發生反應，尤其是生成的硫化物必然是白色的石材變黃。再有，施工過程中涂料和粘結劑都含有大量的揮發分，這些揮發組分也會與石材發生反應，對這類化學穩定性差的石材產生影響。

泛堿的現象在石材采用濕貼安裝后出現較多。實際上堿性物質來源多來自粘結材料，如果采用干掛施工的工藝就不會出現泛堿，同樣，干掛工藝也不會出現水斑。